芬頓工藝促使工業廢水中的有機物質發生分解，從而有效降低廢水中的生物毒性濃度，可改善水質提高廢水的可生化性。但不同的工業生產會產生不同類型的工業廢水，其含有的有機物質及毒害物質成分復雜，所以，使用芬頓工藝處理不同的工業廢水也會出現一定的效果差異，這是因為不同成分的有機物在不同量的芬頓試劑作用下產生的反應效果不同，同時在有機物質與芬頓試劑的混合反應中，分子會出現脫氫現象，使C-C結構斷鏈。比如，所處理的工業廢水中含有較多的水溶性高分子或乙烯化合物，那么它在芬頓試劑的作用下，就很容易產生氫基自由基斷鏈，從而影響芬頓處理的實際效果。